Датчик наличия пламени в некоторых котлах работает только в сети с глухозаземленной нейтралью, в бензиновых генераторах схема с изолированной нейтралью. Поэтому котел и не работает.
Вам нужно заземлить один из выводов генератора, который будет подключен к нулю.
При работе от генератора не забывайте отключаться от внешней сети! Причем отключать нужно фазу и ноль !
