Ещё можно станцию Томск-1 перенести в Богашево, например, временно, сделать мост в нужном месте или мосты, сразу заложить двупутную дорогу, а не гнездеть, что уже все возможности исчерпаны ИМХО.
Правда с транспортной развязкой один чёрт что-то надо делать …
