Судя по всему,сруб уже дал усадку?На что укладывали?Подбивали наверное сразу после укладки?Если да,тогда наверное,такие щели не критичны(можно подбить с помощью широкой стамески).Все зависит чем прокладывали изначально,и как тщательно.(Мне так думается)