Очистить напильник легко, но муторно. Берёте предмет с острым кончиком (нож, керн, стамеску и т. п.) и долго и муторно вычищаете алюминий из насечки напильника. А по поводу дальнейшей работы уже написали, масло на напильник, и работайте, не забывая обновлять смазку.
Этож сколько должен стоить напильник, чтоб на решение вопроса тратить более получаса