Если кран обычный, то вообще не принципиально. Но я обычно стараюсь ставить так. Кран обычно состоит из двух частей: корпуса с шаром, и вкручивающейся части, которая этот шар зажимает в корпусе. Так и ставлю, чтоб стык был после шара по ходу протока.
1. Если кран с фильтром как на картинке поставить вертикально, стрелкой вверх — фильтр будет работать.
2. Весь мусор будет обратно вниз в трубу падать как только поток остановится.