Странно, что у вас так получилось. Блокхаус, обычно, продают уже высушеный и после обшивки достаточно лаком покрыть, чтобы таких веще не было.
Я бы вам посоветовал потратить деньги и усилия на переобшивку (снять блокхаус, убрать щели и закрутить обратно) + лакировку, чем тратиться на герметик. Герметик все равно временное решение. По аналогии с полом, сначала первый раз покласть, потом перебрать. Наверняка крепили шурупами, перебрать в таком случае не займет много времени.