На котле это никак не скажется. А вот риск, что будет большая часть теплоносителя будет кольцеваться по ближайшему стояку (бойлеру) есть. Для это и советую поставить терморегулятор с термоголовкой. Если тем-ра на выходе из бойлера высока, то он долже зажать трубопровод