Тут как покупатель и продавец договорятся.
Можно передать деньги до сделки. Небезопасно для покупателя.
Можно после сделки. Небезопасно для продавца.
Можно через ячейку. Продавец арендует ячейку, при покупателе закладывает туда деньги. Условия доступа к ячейке должны быть прописаны в договоре аренды: покупатель имеет доступ по истечении какого-то срока, отводимого на регистрацию (допустим, месяц), тогда, если регистрация не пройдет, он после этого срока сможет забрать то, что положил; продавец получает доступ при предъявлении документа, подтверждающего госрегистрацию на покупателя (договор с печатью росреестра или выписку из ЕГРП).
Естественно, это имеет свои юридические заморочки, о которых лучше спросить у юристов. Типа, если расчет до подачи документов, то в договоре купли-продажи пишется "расчет произведен", тогда же составляется акт приема-передачи. Если расчет после, то в договоре надо указать, что расчет не произведен (будет произведен в течение стольки-то дней), тогда на это количество дней регистрация замораживается и сделке можно будет дать обратный ход, а чтобы продолжить регистрацию, нужно принести акт приема-передачи, который составляется при получении денег… как-то так.