Смысл выводить трубу наружы сразу:
1. Ремонтопригодность конструкции (при замене котла).
2. Планировка помещений над котельной (нет нужды обходить трубу.
3.перекрытия остаются целыми (при проводке трубы через перекрытия могут возникнуть проблемы с несущими лагами).