Я кстати столкнулась с такой же проблемой. Документы в департамент недвижимости отдала летом, договор аренды был мне отдан и подписан в декабре в силу обстояетельств, но аренду начислили с момента постановки земельного участка на кадастровый учет(т.е. летом).
Я уже потом попыталась с ними побадаться по поводу того, что подписан договор позже, чем вы мне тут аренду насчитали и что все это время я этим участком не пользовалась, поскольку небыло никаких бумаг на это право, на что получила вразумительный ответ: "У нас есть прописаный регламент с какого момента считается аренда."
Так вот, в моем случае этот момент наступает с даты постановки зем. участка на кадастровый учет.
Но пеню они начинают считать с даты подписания договора аренды. Вобщем где то месяц они составляют договор аренды, а ты в это время должен найти денег и оплатить аренду за полгода, чтоб еще пеня не начала капать.
Вобщем у меня еще и пени накапало в районе 7килорублей.